fr.wedoany.com Rapport : Merck & Co. a conclu un accord de collaboration et de licence multi-cibles avec Protillion Biosciences, une société de conception de médicaments basée sur l'intelligence artificielle, visant à découvrir plusieurs candidats thérapeutiques en utilisant l'approche « laboratoire dans la boucle » (lab-in-the-loop) de Protillion et sa plateforme de découverte d'anticorps sur puce Prot-MaP™. Selon l'accord, Merck versera à Protillion un paiement initial non divulgué, ainsi que des jalons de recherche, développement et commerciaux pouvant atteindre 510 millions de dollars.

Ce partenariat vise à combiner l'expertise de Merck dans la découverte de nouvelles thérapies à l'échelle mondiale avec la plateforme Prot-MaP de Protillion. Prot-MaP, acronyme de « Protein Display on a Massively Parallel Array » (Affichage de protéines sur un réseau massivement parallèle), permet une analyse quantitative de bibliothèques de protéines grâce à une boucle de rétroaction continue entre l'IA et les données expérimentales humides de laboratoire, caractérisant des millions de variants par cycle pour éviter le surajustement des modèles. Selon Protillion, cette méthode peut identifier des produits biologiques optimisés aux propriétés thérapeutiques complexes, telles que la clairance dépendante du pH et la spécificité multi-cibles, difficiles à obtenir avec les méthodes traditionnelles. La plateforme génère des dizaines de millions de clusters de protéines immobilisées directement sur les cellules de flux de séquençage d'ADN Illumina, grâce à une transcription et une traduction in situ efficaces et connectées.

Prot-MaP a été inventé par Curtis Layton, PDG et cofondateur de Protillion, et le Dr Will Greenleaf, cofondateur (professeur de génétique à la Stanford University School of Medicine et membre du conseil consultatif scientifique de Protillion). Après avoir obtenu un doctorat en biologie computationnelle à l'Université Duke, Layton a travaillé comme chercheur postdoctoral dans le département de génétique de la Stanford School of Medicine sous la direction de Greenleaf. Layton a développé Prot-MaP dans le laboratoire de Greenleaf, puis a fondé Protillion en 2019 pour commercialiser cette technologie. Les travaux de Layton ont ouvert une nouvelle méthode de criblage à haut débit des systèmes biochimiques, intégrant l'ingénierie des protéines, les technologies de séquençage de nouvelle génération, la biologie moléculaire, la transcription et la traduction in vitro, la biologie computationnelle, le développement logiciel et diverses disciplines d'ingénierie.

Le Dr Robert Hollingsworth, directeur scientifique de Protillion, a expliqué au magazine « Genetic Engineering & Biotechnology News » (GEN) que la plateforme Prot-MaP peut tester simultanément des millions d'interactions protéiques, générant d'énormes quantités de données en quelques jours plutôt qu'en quelques mois. La plateforme connecte les tests protéiques à haut débit à des modèles d'apprentissage automatique propriétaires pour identifier rapidement des candidats médicaments prometteurs, comprendre leurs mécanismes d'action et concevoir des versions améliorées. Prot-MaP peut tester jusqu'à un million de variants protéiques en une seule expérience et fournir des résultats en 48 heures. Le Dr Hollingsworth possède plus de 30 ans d'expérience en biopharmacie, ayant occupé le poste de directeur scientifique chez Shoreline Therapeutics, et travaillé chez Pfizer (en tant que vice-président et directeur scientifique des vaccins anticancéreux et de l'immunothérapie), Pharmacia & Upjohn (fusionné avec Pfizer), GlaxoSmithKline (GSK) et MedImmune (acquis par AstraZeneca).

Protillion indique que sa stratégie diffère de celle de la plupart des entreprises : plutôt que de se fier principalement aux prédictions informatiques des structures protéiques, elle génère directement des données fonctionnelles à grande échelle et identifie les meilleurs candidats thérapeutiques en fonction des résultats expérimentaux réels. En générant des millions de mesures protéiques en parallèle, la plateforme crée les ensembles de données nécessaires à l'entraînement de modèles d'apprentissage automatique plus puissants. Selon Layton, Protillion et Merck ont déjà défini une feuille de route pour le début de la collaboration, les deux premiers projets se concentrant sur le domaine des maladies inflammatoires. Layton souligne que les capacités de la plateforme Prot-MaP ne se limitent pas à l'inflammation, mais permettent la découverte et le développement de nouveaux produits biologiques dans un large éventail de domaines thérapeutiques, avec une expansion future vers d'autres domaines pathologiques.

Ces derniers mois, Merck a lancé plusieurs collaborations axées sur la technologie pour compléter ses pipelines en oncologie et immunologie, afin de faire face à l'impact de l'expiration des brevets de ses médicaments phares (dont Keytruda® et Gardasil® 9) aux États-Unis et ailleurs. En mars, Merck a signé un partenariat d'une valeur allant jusqu'à 2,2 milliards de dollars avec Quotient Therapeutics pour appliquer sa plateforme de génomique somatique à la découverte de nouvelles cibles médicamenteuses pour les maladies inflammatoires de l'intestin (MICI). Le même mois, Merck a également lancé une collaboration avec Infinimmune pour développer des candidats anticorps en utilisant sa plateforme de découverte Anthrobody® et le modèle de langage d'anticorps GLIMPSE™, avec des jalons pouvant atteindre 838 millions de dollars. En outre, Merck a également entamé des collaborations avec Google Cloud, Tempus AI et la Mayo Clinic.

Le Dr Juan Alvarez, vice-président de la biologie de la découverte chez Merck Research Laboratories, a déclaré dans un communiqué que la plateforme de Protillion offre une opportunité convaincante et qu'il se réjouit de collaborer avec l'équipe pour faire avancer ces projets. Basée à Carlsbad, en Californie, Protillion compte désormais 30 employés. La société indique qu'elle continue d'étendre son équipe et ses installations pour soutenir son pipeline interne et ses partenariats stratégiques de grande valeur. Illumina Ventures, la branche capital-risque d'Illumina, est l'un des investisseurs de Protillion, ayant co-dirigé un financement de 18 millions de dollars en 2022 avec ARCH Venture Partners. Layton a déclaré qu'il prévoyait d'embaucher six employés supplémentaires à temps plein d'ici la fin de l'année.

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