fr.wedoany.com Rapport : NVIDIA a publié le NVIDIA BioNeMo Agent Toolkit, un kit d’outils spécialisé dans les flux de travail en sciences de la vie basés sur l’IA.
Ce kit intègre les bibliothèques, outils et modèles ouverts développés par NVIDIA au cours des dix dernières années dans le domaine des sciences de la vie. Il vise à aider les agents IA, les scientifiques et les laboratoires à traiter des données scientifiques, notamment en collectant des preuves, en analysant des découvertes, en exécutant des expériences computationnelles et en recommandant les prochaines étapes.
Le kit peut être utilisé pour des assistants généralistes, des agents scientifiques, des plateformes logicielles et des systèmes biopharmaceutiques internes. Il fournit des outils pour résumer les connaissances scientifiques, appeler des modèles, évaluer les résultats, raisonner sur les découvertes et exécuter des tâches ultérieures.
Le kit inclut NVIDIA BioNeMo et utilise les microservices NVIDIA NIM, NVIDIA Parabricks, NVIDIA NeMo et NVIDIA Nemotron, ainsi que des outils de calcul accéléré.
Plus de 50 entreprises utilisent ce kit pour leurs flux de travail, couvrant des domaines tels que la prédiction de structures protéiques, le docking moléculaire, la chimie générative, l’analyse génomique, la conception de protéines et la découverte de biomarqueurs.
Des institutions comme l’Arc Institute, l’Open Molecular Software Foundation et l’Institute for Protein Design de l’Université de Washington collaborent avec NVIDIA pour appliquer BioNeMo à des modèles de recherche et les rendre accessibles via des flux de travail basés sur des agents. NVIDIA indique que la collaboration avec l’Institute for Protein Design a amélioré les performances d’exécution de modèles comme RosettaFold3, avec des performances environ deux fois supérieures à celles de la génération précédente.
La recherche en sciences de la vie mobilise d’importants budgets de R&D dans les institutions scientifiques et pharmaceutiques. Les flux de travail basés sur des agents aident les chercheurs à itérer plus rapidement, à réduire les coûts et à améliorer l’efficacité des travaux scientifiques. NVIDIA précise que ce kit permet aux développeurs d’adapter des agents généralistes aux usages des sciences de la vie, aidant les chercheurs à exécuter des expériences plus rapidement, à tirer des enseignements des résultats et à raccourcir le cycle entre hypothèse et analyse. Certaines entreprises étendent également ces flux de travail à des environnements de laboratoire physiques.
Les agents généralistes peuvent avoir du mal à gérer les flux de travail scientifiques, car ils doivent déduire les bons outils, entrées, sorties et contextes biologiques. NVIDIA indique que le BioNeMo Agent Toolkit est conçu pour aider les agents à choisir les outils appropriés, interpréter les résultats et soutenir l’analyse scientifique.
NVIDIA adapte la plateforme BioNeMo pour que les agents puissent appeler directement des bibliothèques, modèles et frameworks. Cela inclut les modèles ouverts NVIDIA Nemotron pour le raisonnement, la bibliothèque NVIDIA NeMo RL pour l’apprentissage par renforcement, et le blueprint NVIDIA NemoClaw pour des agents capables de collaborer entre tâches, d’appeler des outils et d’interagir avec les données.
Les microservices NVIDIA NIM sont utilisés pour l’accès aux modèles et l’exécution des tâches. L’environnement d’exécution NVIDIA OpenShell fournit le cadre d’exécution pour ces flux de travail.
Les flux de travail pris en charge par le kit incluent : le criblage virtuel, où l’agent aide à identifier des candidats médicaments à petites molécules en générant et filtrant des composés, en les dockant sur des cibles, en prédisant la force de liaison et en filtrant les propriétés de type médicament, le système classant ensuite les candidats pour un examen plus approfondi ; l’analyse génomique et la découverte de cibles, où l’agent traite les données de séquençage pour produire des découvertes génétiques et des cibles biologiques prioritaires, NVIDIA Parabricks étant utilisé pour l’alignement et la détection de variants, les modèles génomiques de base évaluant les effets des variants, et l’agent classant les cibles candidates pour des recherches ultérieures ; la conception de liants protéiques, où l’agent aide les chercheurs à concevoir et évaluer informatiquement des liants candidats avant le début des travaux en laboratoire ; les flux de travail de recherche biomédicale, où l’agent connecte des sources de données à des modèles de raisonnement pour des tâches comme les revues de littérature, la génération de protocoles, le criblage d’essais cliniques et la pharmacovigilance ; l’analyse d’imagerie médicale, où l’agent traite, segmente, synthétise et analyse des données d’imagerie médicale pour des flux de travail comme la découverte de biomarqueurs et la génération de preuves.
Des entreprises des secteurs technologique et des sciences de la vie utilisent ce kit pour des flux de travail basés sur des agents. Les développeurs d’agents scientifiques, notamment Anthropic, Edison Scientific, Lila Sciences, OpenAI et Owkin, intègrent BioNeMo dans leurs flux de travail de recherche et d’analyse. NVIDIA indique que ses modèles et bibliothèques d’analyse aident à réduire le temps entre la génération d’hypothèses et les résultats.
Les plateformes de données et d’outils, notamment Benchling, Certara, Databricks, Snowflake et Seqera, utilisent le BioNeMo Agent Toolkit pour connecter les systèmes de données scientifiques aux flux de travail IA. Les outils BioNeMo aident les agents à interroger des ensembles de données biologiques et chimiques, à préparer les entrées des modèles, à lancer des flux de travail reproductibles, à analyser les sorties et à renvoyer les résultats dans les plateformes utilisées par les scientifiques et les équipes de données.
Les entreprises de diagnostic et pharmaceutiques, notamment Lilly et Natera, utilisent le BioNeMo Agent Toolkit dans leurs flux de travail de découverte, de recherche translationnelle et d’analyse clinique. Les entreprises d’IA spécialisées en biologie, notamment Boltz, Basecamp Research, Chai Discovery, Dyno, PerturbAI et Proxima, ont collaboré avec NVIDIA pour développer des outils de flux de travail de conception thérapeutique basés sur des modèles. Les entreprises de logiciels de découverte de médicaments, notamment Dassault Systèmes, Cadence (OpenEye) et Schrödinger, intègrent les fonctionnalités du kit dans les applications scientifiques utilisées dans les flux de travail de découverte, permettant aux agents de coordonner la génération de molécules, le docking et les tâches de prédiction dans les environnements logiciels existants. Les entreprises d’instruments et d’automatisation de laboratoire, notamment Automata, HighRes, Tecan, Thermo Fisher et Medra, utilisent les outils BioNeMo pour connecter les systèmes de laboratoire aux flux de travail computationnels. Les fournisseurs de cloud IA et d’infrastructure, notamment Baseten, Modal et Nebius, utilisent ce kit pour prendre en charge des flux de travail hébergés en sciences de la vie, en fournissant des API, des environnements de calcul et d’inférence hébergés, conçus pour soutenir le déploiement d’applications basées sur BioNeMo pour les chercheurs et les entreprises.
Le BioNeMo Agent Toolkit et ses compétences sont désormais disponibles via la page des ressources développeurs de NVIDIA et GitHub.
