Les scientifiques se concentrent depuis longtemps sur les liens entre la génétique et les maladies. L’équipe du Laboratoire européen de biologie moléculaire (EMBL) a développé un nouvel outil de séquençage unicellulaire, SDR-Seq, capable de détecter simultanément les variations génomiques et l’expression de l’ARN dans une même cellule. Cet outil surmonte les limitations des technologies de séquençage unicellulaire existantes, améliorant significativement la précision et le débit, et ouvrant de nouvelles voies pour explorer les liens entre les variations dans les régions non codantes et les maladies.

Dans un article récemment publié dans Nature Methods, Dominik Lindenhofer, post-doctorant à l’EMBL, a déclaré : « Les méthodes unicellulaires actuelles présentent des limites en termes de débit et de sensibilité lorsqu’il s’agit d’analyser simultanément l’ADN et l’ARN. Notre outil de séquençage unicellulaire n’est pas limité par la localisation des variations et génère des données unicellulaires adaptées à l’analyse d’échantillons complexes. » Plus de 95 % des variations liées aux maladies se situent dans les régions non codantes du génome, et les technologies de séquençage unicellulaire traditionnelles peinent à analyser ces régions à grande échelle. Le nouvel outil de séquençage unicellulaire utilise un système d’émulsion huile-eau pour permettre une analyse simultanée des variations de l’ADN et de l’activité génique dans des milliers de cellules.

L’équipe de recherche a testé cet outil sur des échantillons de lymphome à cellules B, révélant une corrélation entre le nombre de variations génomiques et le degré de malignité des tumeurs. Lindenhofer a ajouté : « Grâce à cet outil de séquençage unicellulaire, nous pouvons déterminer précisément l’impact des variations sur l’expression génique. Dans le lymphome à cellules B, l’accumulation de variations est liée à des transitions spécifiques des états cellulaires. » Le développement de cette technologie de séquençage unicellulaire a intégré une collaboration multidisciplinaire, incluant l’optimisation des méthodes de prétraitement cellulaire et la création d’algorithmes de décodage dédiés.