Un résultat de recherche important sur la détection des parasites trypanosomes chez le bétail a été publié sous forme de préimpression révisée sur eLife. Cette recherche utilise l’outil de diagnostic basé sur CRISPR SHERLOCK4AAT pour détecter différents types de trypanosomes causant la trypanosomiase animale africaine (AAT, également appelée Nagana), promouvant le diagnostic de l’AAT et attirant l’attention dans les domaines de l’épidémiologie, de la santé publique et de la médecine vétérinaire.

L’AAT est causée par des parasites du genre Trypanosoma, mettant en danger plus d’un million de têtes de bétail dans 37 pays africains, avec un impact économique énorme. Dans les régions endémiques, l’AAT cause une perte annuelle d’environ 4,75 milliards de dollars en PIB agricole. De plus, ces animaux domestiques sont des hôtes potentiels pour l’infection humaine par les trypanosomes, rendant crucial le traçage et la surveillance de la propagation de la maladie.

Les méthodes actuelles de diagnostic de l’AAT souffrent d’une sensibilité et d’une fiabilité insuffisantes. Le co-premier auteur de l’article, Roger - Junior Eloiflin, assistant de recherche au centre INTERTRYP (CIRAD/IRD) de l’Université de Montpellier en France, a souligné que l’utilisation d’outils de diagnostic fiables pour surveiller précisément l’état d’infection du bétail est cruciale pour atteindre et maintenir les objectifs d’élimination des maladies connexes de l’Organisation mondiale de la santé.

Pour surmonter les limites des méthodes existantes, l’équipe de recherche a adopté la méthode de détection « Specific High-sensitivity Enzymatic Reporter UnLOCKing » (SHERLOCK), précédemment utilisée avec succès pour détecter la trypanosomiase humaine africaine (HAT), et a développé SHERLOCK4AAT applicable à la détection des trypanosomes animaux à partir d’un seul point de sang sec.

Au cours du développement, les chercheurs ont identifié des cibles DNA hautement conservées et spécifiques à l’espèce dans les trypanosomes, testant des conceptions utilisant des séquences de gènes 18S ribosomal RNA et GAPDH pour l’identification des espèces. Pour la détection pan-trypanosome, la cible unique initialement choisie avait une spécificité de 93 % pour la détection de la HAT dans le sang, et l’ajout d’un deuxième RNA guide pour créer une détection multiplex a amélioré la sensibilité. Pour les tests spécifiques à l’espèce, bien qu’aucun gène cible ne puisse distinguer toutes les espèces, SHERLOCK4AAT peut distinguer les espèces pathogènes étroitement liées de l’AAT, avec une limite de détection entre 10 et 1 000 parasites par millilitre, comparable aux tests moléculaires existants, bien que les tests spécifiques à l’espèce pour Trypanosoma vivax soient moins performants, indiquant le besoin de cibles génétiques différentes.

Après avoir déterminé la sensibilité du test en laboratoire, le groupe de recherche a appliqué la boîte à outils SHERLOCK4AAT pour analyser les types de trypanosomes chez les porcs en élevage libre et en ferme en Côte d’Ivoire et en Guinée. Les résultats montrent que 62,7 % des porcs étaient infectés par au moins un trypanosome, et Trypanosoma brucei gambiense (un trypanosome pouvant infecter les humains) a été trouvé chez les porcs des deux sites, indiquant que ces porcs pourraient être des hôtes infectieux.